Das etwa 25.000 m² große Areal des Gutshofes hat seine Anfänge bereits im 12. Jahrhundert als Ordensprovinz im Reichsgebiet. Die „Deutschordensballei Thüringen“ war eine der ältesten und reichsten Balleien (Ordensprovinzen) des Deutschritterordens.
Der um 1200 an den Orden gelangte Hof in Zwätzen war Verwaltungszentrum der „Ballei Thüringen/Sachsen“ und damit Sitz des sogenannten „Landkomturs“ (Leiter/Verwalter einer Ordensniederlassung). Schon 1182 wird ein Gut in Zwätzen im Besitz der Herrscher- Dynastie der Ludowinger erwähnt, welche aufgrund der engen persönlichen Bindungen zum Deutschen Orden somit als Stifter des Gutshofes angesehen werden.
In und um Zwätzen konnte die Ordensniederlassung zahlreiche Objekte (Mühle, Backhaus, Schänke) und Rechte (Schafhaltung) erwerben. Sie bekam zudem große Ländereien (Wald, Acker, Wiesen, Weinberge) übertragen, sodass der Orden in den ersten beiden Jahrhunderten über beträchtliche Einnahmen verfügte.
Während der Reformation traten die Ordensbrüder der „Ballei Thüringen/Sachsen“ der neuen Konfession bei. Die Ballei wurde seitdem von einem Stadthalter geleitet und der Besitz der kursächsischen Oberhoheit unterstellt.
Nach der 1806 unweit von Zätzen stattgefundenen „Schlacht von Jena und Auerstedt“ diente der Gutshof als Lazarett. An die 46 hier verstorbenen Soldaten erinnert das nahe gelegene „Sachsengrab“.
Nach der von Napoleon 1809 verfügten Auflösung des Ordens in den von ihm beherrschten Gebieten fielen die Besitzungen an den sächsischen König. Dieser schenkte sie den Universitäten Wittenberg und Leipzig sowie den fürstlichen Schulen Pforta, Meißen und Grimma.
Als Ergebnis des Wiener Kongresses gelangte Zwätzen 1815 an das Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach und wurde in ein Kammergut umgewandelt. Ab 1818 wurde der Töpferofen von der „Großherzoglich Sächsischen Fabrik Zwätzen“ zur industriellen Tonröhrenproduktion genutzt.
Nach jahrelangen Bemühungen gelang es dem Professor des landwirtschaftlichen Institutes der Universität Jena Friedrich Gottlob Schulze, 1844 das Kammergut vom Großherzog zu pachten. Unter dem engagierten Nationalökonom entwickelte sich das Landwirtschaftliche Institut mit seiner praxisbezogenen Außenstelle in Zwätzen zu einer tragenden Säule der Universität Jena. Hier wurde Schulze zum bahnbrechenden Reformator der Landwirtschaftslehre, nach dessen Muster das neuartige Fach an vielen deutschen Universitäten Eingang fand.
Die Zwätzener Lehranstalt verdankte ihre Existenz vor allem aber der großzügigen Sponsorschaft der mit dem Großherzog Carl Friedrich verheirateten Großherzogin Maria Pawlowna (1786-1859), der russischen Zarentochter. Von ihr ging 1849 die Initiative aus im Sinne der öffentlichen Wohlfahrt, eine sogenannte „Arbeits- oder Wehrli-Schule“ nach Schweizer Vorbild zu begründen, womit sie Schulze beauftragte. 1853 gewährte der Großherzog schießlich die Abtretung des Gutes. 1858 wurde die „Wehrli-Schule“ in eine Ackerbau-Schule umgewandelt und nach ihrer Verstaatlichung im Jahre 1860 der Universität Jena zugewiesen. Sie war eine Ganzjahres- und Ganztagsschule mit gleichermaßen theoretischen und praktischen Unterrichtsanteilen. Die landwirtschaftliche Versuchsstation unterhielt sogar zwei Laboratorien.
1901 erfolgte die Umbenennung in „Landwirtschaftliches Institut der Universität Jena“ Den gesellschaftlichen Umbrüchen in den folgenden Jahrzehnten folgten verschiedene landwirtschaftliche Institutionen mit sehr unterschiedlichen Trägerschaften. 1937 bis 1943 befand sich hier beispielsweise die erste Prüfanstalt für Schweine in Thüringen. Das nach dem Krieg reaktivierte Universitätsgut würde 1955 aufgelöst und als neu gegründetes VE Lehr- und Versuchsgut Zwätzen dem Ministerium für Land- und Forstwirtschaft der DDR unterstellt. So nahm 1956 hier die erfolgreiche Haflinger- Pferdezucht der DDR ihren Anfang.
Nach 1990 wurden die Liegenschaften durch die Treuhand verpachtet und verkauft. 1997 wurde die Friedrich- Schiller-Universität Jena wieder Eigentümer des Flurstücks.
